Der Nationalpark Stilfserjoch umfasst beinahe die gesamte Ortler-Gruppe. Das Massiv zählt zu den Zentralalpen, bisweilen wird es aber auch zu den südlichen Ostalpen oder gar zu den Rätischen Alpen gezählt. Dies liegt an den geographischen, aber auch geomorphologischen Besonderheiten dieses Gebirgsmassivs. So besteht das Gebiet des Nationalparks aus zwei Hauptgesteinsfamilien. Das eine typisch für die Zentralalpen, das andere für die südlichen Kalkalpen.

Die Gletscher der hohen Gebirgsgruppe im Nationalpark Stilfserjoch haben die hochalpine Landschaft des Naturschutzgebietes, aber auch die fruchtbaren Täler und Seitentäler der gesamten Region geprägt. Sie sind das Ergebnis geologischer Vorgänge, welche viele Jahrmillionen andauerten.